O centro de Santos concentra atividades relevantes do município como serviços públicos, atrações turísticas e trabalho. É no centro que se localizam a prefeitura, o fórum e os terminais rodoviário e urbano de ônibus, além
de quase todo o patrimônio histórico da cidade, como o santuário do Valongo (de 1640), o teatro Guarani e o recém-inaugurado edifício do Museu Pelé, todos convertidos em atrações turísticas. O bonde histórico é presença marcante na região, atravessando a área central e principais pontos turísticos da cidade.

Ao contrário do trecho Barreiros-Porto, cuja inserção urbana aproveitou a faixa ferroviária desativada para sua implantação, que ocorreu de forma segregada do sistema viário existente, a inserção urbana da faixa do VLT no trecho Conselheiro Nébias-Valongo, situada na região do centro de Santos, baseia-se no compartilhamento do VLT com o sistema viário.

Enquanto que no trecho Barreiros-Porto os estudos do projeto funcional estavam voltados a potencializar a integração modal e a inserção urbana do VLT, no trecho Conselheiro Nébias-Valongo a preocupação se concentra
na minimização dos impactos no entorno e na superação de condicionantes restritivos ao projeto, inerentes a áreas de interesse histórico e de preservação.

Somam-se a estes a necessidade de compatibilização do projeto com os demais planos e ações previstas para a área, a qual tem despertado enorme interesse pelo poder publico e iniciativa privada nos últimos anos.

Em função das especificidades da região, fortemente marcada pela presença de corredores de transporte, internos ao município de Santos e de entrada e saída
do mesmo, de edifícios de interesse histórico e arquitetônico e diante de um sistema viário de capacidade reduzida, para o estudo de alternativas de traçado e localização das estações foram consideradas as seguintes premissas:

Ao longo do desenvolvimento do projeto do trecho Conselheiro Nébias-Valongo, a partir de 2009 até a definição final da geometria do traçado, foram consideradas três alternativas de traçado. Para o desenvolvimento das alternativas de traçado para o VLT neste trecho foram adotados, a título de abordagem metodológica, dois subtrechos:

Subtrecho 1: Caracterizado pelo acesso à região central de Santos a partir da Avenida General Francisco Glicério.

Subtrecho 2: Caracterizado pelas alternativas de traçado, de fato, na região central de Santos e acesso ao Terminal Valongo e futura sede da Petrobrás.

A primeira consolidação de alternativa de traçado para o trecho Conselheiro Nébias – Valongo, desenvolvida em 2009, considerava para o subtrecho 1 o acesso à região central de Santos pela Avenida Conselheiro Nébias (em mão dupla). Para o subtrecho 2, de acesso ao Terminal Valongo e à Petrobrás, foi estudada e considerada a circulação do VLT em binário através das ruas General Câmara, do Comércio e Amador Bueno. A função da Avenida Conselheiro Nébias como via arterial e suas características físicas (calha viária e ocupação lindeira), assim como a interferência com o Bonde de Santos na Rua do Comércio, inviabilizaram esta alternativa de 2009.

Em 2013 foi estudada uma nova alternativa que, para o subtrecho 1, considerava o traçado em binário pelas ruas Conselheiro Nébias e da Constituição e para o subtrecho 2, a circulação do VLT em binário através das
ruas Amador Bueno e João Pessoa. A presença de Rede de Distribuição de Alta Pressão da Comgás no local previsto para a implantação da via permanente na Avenida Conselheiro Nébias, associada à necessidade de atendimento ao Mercado Municipal de Santos, em área a ser requalificada pelo Projeto Alegra Centro da Prefeitura Municipal de Santos, levou a um novo estudo de traçado
que, em 2014, resultou em nova consolidação de traçado.

A consolidação final do traçado de 2014 apresenta para o subtrecho 2, de acesso ao Terminal Valongo e à Petrobrás, a circulação do VLT em binário, através das ruas Amador Bueno e João Pessoa, mantendo em linhas gerais
a solução do ano anterior para este subtrecho. Para o subtrecho 1 foi proposta a circulação do VLT em binário, através das ruas Campos Melo e Rua da Constituição, garantindo-se o atendimento às Universidades, ao Hospital e à área do Mercado, garantindo, ao mesmo tempo, maior capacidade de atendimento à rede de transporte da região. Esta alternativa de traçado foi considerada mais adequada para atendimento aos objetivos propostos.